Absences

Arrêt maladie : ce que l’employeur doit faire, et comment il se traduit en paie

Un arrêt maladie déclenche trois circuits en parallèle : une absence à gérer dans l’organisation du travail, une déclaration à faire auprès de l’assurance maladie, et un calcul de paie qui combine retenue d’absence, indemnités journalières et éventuel maintien de salaire par l’employeur.

C’est l’un des événements de paie où les erreurs sont les plus fréquentes, parce qu’il mêle le Code du travail, le régime général et la convention collective, qui ne prévoient ni les mêmes délais de carence ni les mêmes niveaux d’indemnisation.

Mis à jour en 2026

Délai d’envoi par le salarié

48 heures

Sauf hospitalisation ou cas de force majeure

Carence sécurité sociale

3 jours

Non indemnisés par l’assurance maladie

Ancienneté minimale, maintien légal

1 an

La convention collective peut être plus favorable

Les délais à respecter, côté salarié et côté employeur

Le salarié doit prévenir l’employeur et transmettre son avis d’arrêt de travail dans un délai de deux jours. À défaut, l’employeur peut le mettre en demeure de justifier son absence avant d’envisager une sanction, mais il ne peut pas retenir le salaire au titre d’une absence injustifiée sans avoir laissé ce délai courir.

L’employeur, de son côté, doit établir une attestation de salaire, qui permet à l’assurance maladie de calculer les indemnités journalières. Ce document conditionne tout le reste : indemnisation du salarié, subrogation, et cohérence des déclarations sociales du mois.

Le circuit type :

  1. 1réception de l’arrêt et enregistrement des dates exactes de début et de fin ;
  2. 2attestation de salaire transmise via la déclaration sociale nominative ou en ligne ;
  3. 3décision sur la subrogation, si l’entreprise maintient le salaire ;
  4. 4saisie de l’absence en paie, avec le motif maladie et les dates jour par jour ;
  5. 5suivi des prolongations, qui font chacune l’objet d’un nouvel avis ;
  6. 6à la reprise, visite médicale de reprise si la durée de l’arrêt l’impose.

Indemnités journalières et carence

L’assurance maladie verse des indemnités journalières à partir du quatrième jour d’arrêt : les trois premiers jours constituent le délai de carence. Le montant est calculé sur les salaires bruts des mois précédents, dans la limite d’un plafond, et il est donc toujours inférieur au salaire habituel.

En cas de prolongation sans interruption, la carence ne s’applique qu’une fois. En revanche, un nouvel arrêt après reprise ouvre en principe un nouveau délai de carence, sauf rechute d’une même affection dans les conditions prévues par le régime.

Maintien de salaire : légal, puis conventionnel

Le Code du travail prévoit un maintien de salaire par l’employeur pour les salariés justifiant d’une ancienneté minimale, après un court délai de carence propre, et pour une durée qui augmente avec l’ancienneté. Ce maintien est complémentaire des indemnités journalières : il en comble une partie, il ne s’y ajoute pas.

La plupart des conventions collectives sont plus favorables : carence supprimée, maintien à 100 % du net pendant plusieurs semaines, prise en charge par un régime de prévoyance au-delà. C’est votre convention qu’il faut lire en premier, le régime légal ne s’appliquant qu’à défaut de disposition plus avantageuse.

Trois questions à trancher pour chaque arrêt :

  • l’ancienneté du salarié ouvre-t-elle droit au maintien, légal ou conventionnel ?
  • le maintien est-il calculé sur le brut ou sur le net, et à quel pourcentage ?
  • l’entreprise pratique-t-elle la subrogation, c’est-à-dire perçoit-elle les indemnités à la place du salarié ?

La subrogation, et pourquoi elle simplifie tout

Avec la subrogation, l’employeur continue de verser le salaire et perçoit directement les indemnités journalières de l’assurance maladie. Le salarié conserve son rythme de revenu habituel et n’a aucune démarche financière à suivre ; l’entreprise, elle, doit surveiller le versement effectif des indemnités.

Sans subrogation, le salarié reçoit lui-même les indemnités, et l’employeur ne verse que le complément éventuel. Le bulletin devient plus difficile à lire pour le salarié, qui voit un net très réduit sans comprendre qu’une partie de son revenu arrive par un autre canal.

Traduction sur le bulletin de paie

LigneEffetPoint de vigilance
Absence maladieRetenue du salaire correspondant aux jours d’arrêtUtiliser la même méthode de valorisation d’un mois sur l’autre
Indemnités journalières subrogéesReprises en information ou en déduction selon le paramétrageVérifier le décompte réel versé par l’assurance maladie
Complément employeurMaintien légal ou conventionnelContrôler l’ancienneté et le compteur de jours déjà indemnisés
PrévoyancePrise en charge au-delà de la durée de maintienDéclarer le sinistre à l’organisme dans les délais du contrat

Le compteur de jours déjà indemnisés sur douze mois est l’élément le plus souvent perdu lors d’un changement de prestataire de paie en cours d’année. Sans reprise de ce compteur, l’entreprise risque de maintenir le salaire au-delà de son obligation, ou de le refuser à tort.

Contrôle, contre-visite et conséquences RH

  • L’employeur peut organiser une contre-visite médicale, à sa charge, dans le respect des conditions légales.
  • Un arrêt ne suspend pas les obligations de loyauté du salarié, mais il interdit toute sanction fondée sur l’état de santé.
  • Depuis les évolutions jurisprudentielles récentes, les périodes d’arrêt maladie génèrent des droits à congés payés : le compteur doit être alimenté.
  • Une visite médicale de reprise est obligatoire au-delà d’une certaine durée d’arrêt, et conditionne la reprise effective du poste.
  • Un arrêt long doit être anticipé côté organisation : remplacement en CDD pour motif de remplacement, réaffectation des tâches, information de l’équipe sans divulguer de donnée médicale.

Comment Alvaa traite ce sujet pour vous

  • Le salarié dépose son arrêt dans son espace Alvaa ; l’entreprise le valide et l’absence est reprise automatiquement dans la paie du mois, jour par jour et avec son motif.
  • Votre gestionnaire établit l’attestation de salaire, suit la subrogation et tient à jour les compteurs de maintien de salaire.
  • Les règles de votre convention collective sont paramétrées une fois, puis appliquées à chaque arrêt sans nouvelle recherche documentaire.
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